蛋白質(zhì)相互作用是指兩個或兩個以上蛋白質(zhì)分子通過非共價鍵形成蛋白質(zhì)復(fù)合物的過程。如復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、翻譯、細胞周期調(diào)控、物質(zhì)代謝等。
常見的研究方法有：
酵母雙雜交技術(shù)、免疫共沉淀、親和層析、細胞內(nèi)共定位分析。
以下是對免疫共沉淀技術(shù)（co-immunoprecipitation,co-IP）進行總結(jié)，co-IP常用來檢測兩種蛋白質(zhì)在體內(nèi)是否結(jié)合。
基本原理：
在保證兩種蛋白質(zhì)相互作用的條件下，收集并裂解細胞。在細胞裂解液中加入某一種已知蛋白的特異性抗體，孵育后再加入可與特異性抗體結(jié)合的蛋白A/G-瓊脂糖珠（或磁珠）沉淀收獲抗原抗體復(fù)合物，若細胞中存在與已知蛋白結(jié)合的目標蛋白，則可被磁珠沉淀下倆，形成“目標蛋白-已知蛋白-抗已知蛋白抗體-磁珠"復(fù)合物。經(jīng)SDS-PAGE后，復(fù)合物可被分離，再經(jīng)免疫印跡或質(zhì)譜鑒定出目標蛋白。
優(yōu)勢：
① 得到的蛋白質(zhì)相互作用是在細胞內(nèi)天然形成的，反映的是細胞的生理狀態(tài)；
② 可以分離得到天然狀態(tài)的蛋白質(zhì)復(fù)合物。
劣勢：
① 可能檢測不到低親和力的瞬時蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用；
② 不能證明兩種蛋白質(zhì)的直接結(jié)合，其他分子可能起到橋梁作用；
③ 依賴于高質(zhì)量的、可用于免疫沉淀的特異性抗體。
不同類型的免疫共沉淀技術(shù)
1、二次免疫共沉淀技術(shù)：用來檢測細胞內(nèi)三種蛋白質(zhì)間的相互作用，若要證明X、Y、Z三種蛋白質(zhì)間是否以復(fù)合物形式存在，首先在細胞裂解液中加入抗X蛋白質(zhì)抗體，免疫沉淀獲得抗原抗體復(fù)合物，經(jīng)過非變性洗脫后，向此復(fù)合物溶液中加入抗蛋白質(zhì)Y的抗體，再收集免疫復(fù)合物進行SDS-PAGE分析。
2、蛋白質(zhì)降解抑制-免疫共沉淀：若兩種蛋白質(zhì)結(jié)合后，其中一種會降解，則會影響IP實驗結(jié)果，故需要抑制細胞內(nèi)蛋白質(zhì)降解。
① 對于通過溶酶體途徑降解的蛋白質(zhì)，可以加入NH4Cl或氯喹改變細胞內(nèi)酸性環(huán)境，抑制這類蛋白質(zhì)降解。
② 對于通過泛素-蛋白酶體途徑降解的蛋白質(zhì)，可用MG132抑制，該試劑對細胞有毒性，故作用時間不能太久。
3、核質(zhì)分離-免疫共沉淀：體內(nèi)的許多蛋白質(zhì)是在細胞質(zhì)和細胞核之間穿梭的，研究時有時會出現(xiàn)時空問題。故先利用核質(zhì)分離技術(shù)得到細胞核或細胞質(zhì)完整的組分。
4、交聯(lián)免疫共沉淀：能夠使已經(jīng)結(jié)合在一起的蛋白質(zhì)更加穩(wěn)定。避免結(jié)合能力弱或瞬時結(jié)合的蛋白質(zhì)在實驗過程中降解。
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